Les reliefs souterrains ou autrement les grottes et les cavernes du Parc National sont le résultat de la géomorphologie et de l’érosion karstique de l’eau dans la région.
Le géoparc compte plus de 1 400 grottes, dont la plupart sont des formations rocheuses avec des descentes verticales abruptes. Très peu d’entre elles sont accessibles au grand public. Parmi celles-ci, la grotte Drakolakkoi se distingue par la rivière souterraine et la riche décoration de stalagmites-stalactites, et la grotte Kormokopos avec l’entrée imposante et le grand hall.
Les deux cavernes les plus profondes de Grèce, qui sont particulièrement célèbres, sont, Gourgouthakas avec une profondeur de 1 208 mètres et le Trou du Lion avec une profondeur de 1 110 mètres qui ont été découvertes par des spéléologues français et grecs dans les années 1990 et 2008 respectivement. Leur accès, ainsi qu’au gouffre de Tzanis, n’est possible qu’avec du matériel.
