L’église est située sur le sentier principal qui traverse la gorge de Samaria, à 4 km de son entrée. Il a été construit au XVIIIe siècle à l’emplacement d’un ancien sanctuaire extérieur, mis au jour par les travaux de fouilles.
L’exercice des pratiques religieuses dans la nature est particulièrement répandu en Crète depuis l’époque minoenne. L’utilisation intemporelle du sanctuaire est attestée par les offrandes telles que les pièces de monnaie en bronze, les récipients à boire et les lampes aux bas-reliefs de l’époque romaine.
La formation naturelle de la roche a favorisé la construction d’un palier à la pointe de la cavité naturelle, pour déposer des offrandes votives, telles que des vases et des figurines en argile, petites pointes de flèches et de lances votives en bronze et en fer. Un petit foyer avec des restes de cendres et d’ossements d’animaux indique une zone sacrificielle à côté du rocher.