Οι υπόγειες γεωμορφές ή αλλιώς τα σπήλαια και σπηλαιοβάραθρα του Εθνικού Πάρκου είναι το αποτέλεσμα της γεωμορφολογίας και της καρστικής διάβρωσης του νερού στην περιοχή.
Το γεωπάρκο διαθέτει πάνω από 1400 σπήλαια, εκ των οποίων τα περισσότερα είναι βάραθρα με απότομες κατακόρυφες καταβάσεις. Ελάχιστα είναι προσβάσιμα από το ευρύ κοινό. Από αυτά ξεχωρίζει το σπήλαιο Δρακολάκκοι με το υπόγειο ποτάμι και τον πλούσιο σταλαγμιτικό – σταλακτιτικό διάκοσμο, και το σπήλαιο του Κορμοκόπου με την επιβλητική είσοδο και την μεγάλη αίθουσα.
Διάσημα είναι τα δύο βαθύτερα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας, ο Γουργούθακας με βάθος 1.208 μέτρα και η Τρύπα του Λιονταριού με βάθος 1.110 μέτρα που ανακαλύφθηκαν από Γάλλους και Έλληνες σπηλαιολόγους την δεκαετία του 1990 και το 2008 αντίστοιχα. Η πρόσβαση σε αυτά όπως και στο βάραθρο του Τζανή γίνεται μόνο με εξοπλισμό.
