Η περιοχή των Αστερουσίων διαθέτει αρκετά σπήλαια μικρού μεγέθους με λιγοστό σταλαγμιτικό και σταλακτιτικό διάκοσμο. Παρουσιάζουν μεγάλο πολιτισμικό ενδιαφέρον καθώς χρησιμοποιήθηκαν από τους προϊστορικούς χρόνους μέχρι τους νεότερους ως κατοικίες, καταφύγια, ασκηταριά και τόποι λατρείας.
Πολλά από αυτά παραμένουν ανεξερεύνητα ενώ η πρόσβαση τους δεν υποστηρίζεται από οργανωμένες υποδομές. Γνωστά σπήλαια των Αστερουσίων είναι αυτά της Κασσιανής, του Σαρακινόσπηλιου, του Περιστεριά, των Αγιών, του Βαρβακόσπηλιου, του Πλακόσπηλιου και το Μπλε Σπήλαιο.
Αρχαιολογικό ενδιαφέρον παρουσιάζει το σπήλαιο της Μιαμούς και της Ειλειθυίας, ενώ άρρηκτα συνδεδεμένα με τη θρησκευτική και ασκητική ιστορία των Αστερουσίων είναι τα σπήλαια του Γουμενόσπηλιου και του Αγ. Αντωνίου. Μονοπάτι οδηγεί στο σπήλαιο του Αγίου Αντωνίου με τον εντυπωσιακό διάκοσμο, την 35μ ύψους είσοδο, τον μικρό ναό και την μαγευτική θέα προς τη θάλασσα. Διασχίζοντας το Αγιοφάραγγο συναντά κανείς τον Γουμενοσπηλιό, μια από τις παλαιότερες θέσεις ερημιτών. Το σπήλαιο διαθέτει μικρή είσοδο και εντυπωσιακή θολωτή οροφή με άνοιγμα. Σύμφωνα με την παράδοση ο χώρος κατοικήθηκε από 300 ασκητές που επικοινωνούσαν μεταξύ τους μόνο την ημέρα της Ανάστασης.
