Le musée est situé dans le site archéologique et abrite des expositions de l’ancienne colonie et de la nécropole d’Orthi Petra. La collection permanente présente des objets d’art et de la vie quotidienne des époques préhistorique, géométrique, archaïque, classique, hellénistique, romaine et byzantine, en utilisant des moyens d’exposition et technologiques modernes.
La première des trois salles présente des objets importés de régions extérieures à la Crète, montrant des aspects de la vie publique et privée à Eleftherna. La deuxième salle concerne la vie religieuse et la pratique de culte de la colonie, du début de l’âge du fer à l’époque byzantine. La troisième salle dévoile des dons funéraires impressionnants et des pratiques funéraires de la nécropole d’Orthi Petra.