Le village de Kaloi Limenes est situé à l’est d’Akrotiri Lithino, au sud des Monts Asterousia.

Selon le texte des Actes des Apôtres (27,8), l’Apôtre Paul, lors de son transport à Rome pour être jugé, passa par la côte sud de la Crète et débarqua à cause des vents violents dans le mouillage sûr de Kaloi Limenes. La présence de saint Paul est liée à la propagation du christianisme et à l’établissement de basiliques aux premiers temps chrétiens dans le sud de la Crète, plus précisément à la région d’Asterousia.

En 1911, une petite église dédiée à la mémoire de saint Paul est construite à l’emplacement d’une ancienne basilique, sur une colline au sud du port moderne. À côté du temple, il y a une grotte dans laquelle, selon la tradition, l’Apôtre des Nations a séjourné.