L’église est située à côté de l’ancien village de Samaria, approximativement au milieu de la route de la gorge. On suppose que la petite église de Sainte Marie a donné son nom aux gorges de Samaria.
La décoration de fresques place chronologiquement le temple au XIVe siècle. Il s’agit d’un modeste édifice voûté d’une seule pièce sans éléments décoratifs. Les fresques ne sont pas préservées en bon état, néanmoins il existe de nombreuses représentations du cycle christologique, des saints individuels et de la Communion de la Sainte Marie par Abbé Zosime dans le désert.