Le monastère est situé dans la vallée richement végétalisée d’Amari, à 35 km de Réthymnon.
La preuve de sa création provient d’un document du XIIIe siècle. Pendant la période de l’occupation vénitienne, le monastère était associé à la famille de Chortatzis, en effet la tombe de l’auteur d’Erofili, Georgios Chortatzis, est préservée à proximité. Au XVIIIe siècle, il devint le siège d’un évêché et prospéra, tandis que pendant la lutte de libération de 1821, il fut détruit et reconstruit.
En 1927, le monastère cessa de fonctionner car l’École Agricole d’Amari y fut établie. La forme du complexe monastique change avec l’ajout des nouveaux bâtiments scolaires. Il abrite aujourd’hui le centre de recherche de la Fondation Nationale de la Recherche Agronomique (ETHIAGE) et est en cours de restauration des bâtiments. L’abbatiale du Monastère date du XIVe siècle et a été construite sur une plus ancienne du Xe siècle comme en témoignent les fondations et les tombes de l’époque.