Η Μονή βρίσκεται στην πλούσια σε βλάστηση κοιλάδα του Αμαρίου, 35 χλμ από το Ρέθυμνο. Στοιχεία για την ίδρυση της παίρνουμε από έγγραφο του 13ου αιώνα. Την περίοδο της Ενετοκρατίας η Μονή συνδέεται με την οικογένεια των Χορτάτζηδων, μάλιστα σε κοντινή απόσταση σώζεται ο τάφος, του συγγραφέα της Ερωφίλης, Γεωργίου Χορτάτζη. Τον 18ο αιώνα έγινε έδρα επισκοπής και άκμασε ενώ κατά τη διάρκεια του απελευθερωτικού αγώνα του 1821 καταστράφηκε και ανασυγκροτήθηκε. Το 1927 το μοναστήρι παύει να λειτουργεί καθώς εκεί εγκαθίσταται η Γεωργική Σχολή Αμαρίου. Η μορφή του μοναστικού συγκροτήματος αλλάζει με την προσθήκη των νέων κτιρίων της σχολής. Πλέον στεγάζει το ερευνητικό κέντρο ΕΘΙΑΓΕ και βρίσκεται σε διαδικασία αποκατάστασης των κτιρίων. Το καθολικό της Μονής χρονολογείται τον 14ο αιώνα και χτίστηκε πάνω σε παλαιότερο του 10ου αι. όπως μαρτυρούν τα θεμέλια και οι τάφοι της περιόδου.