Le monastère est situé près du village d’Amnatos, à une altitude de 500 m, entouré de vignes, d’oliviers, de pins, de cyprès et de chênes kermès.
La première église abbatiale a été construite au début du XVIe siècle et la deuxième abbatiale de deux pièces en 1572 par le propriétaire du monastère Mattheos Kallergis et l’abbé Klimis Chortatzis. Le reste du complexe a été construit entre 1670 et 1714 pour répondre aux besoins de la vie communale.
Le monastère a joué un rôle très important dans les événements de la révolution crétoise lorsqu’en 1866, les moines et les résidents ont été fortifiés et assiégés pendant 2 jours par les Ottomans. Les assiégés ont préféré perdre leur vie en faisant sauter la poudrière. Le sacrifice des 964 victimes du monastère d’Arkadi a sensibilisé l’Europe à la lutte de libération de la Crète.
L’architecture du monastère adopte des éléments de la fin de la Renaissance italienne et de la tradition locale. Le complexe du monastère occupe une grande surface (73,80m x 78,80m) tandis que l’enceinte avec la porte voûtée caractéristique comprend la nouvelle église abbatiale et les espaces liturgiques.
La contribution du monastère à l’éducation était significative, alors qu’en même temps il fonctionnait comme un atelier de copie de manuscrits et de broderie d’or. De nombreux manuscrits et vêtements brodés d’or sont exposés dans le musée du monastère.