Le monastère est situé dans le village de Margarites, à une distance de 30 km de Réthymnon.
Il a été fondé entre les XVe et XVIe siècles, puis il est devenu plus tard une glèbe du monastère de Karakalos du Mont Athos. Les armoiries en relief de la famille de Dandolos, fondateurs du Monastère, sont particulièrement emblématiques et se trouvent dans une tombe encastrée dans le sol de l’église.
Selon la tradition, le monastère fonctionnait comme un couvent pendant la période ottomane et il a été converti en monastère d’hommes au XVIIIe siècle, lorsqu’il a été concédé au monastère de Karakalos. Agios Gedeon, qui fut martyrisé en 1818 dans son lieu d’origine, Tyrnavos de Larissa, exerça dans le monastère.
En 1998, le monastère a été restauré et aujourd’hui l’église abbatiale et quelques édifices anciens sont conservés.