Le musée est situé dans la ville de Sitia et abrite des expositions des sites archéologiques de la région. La collection permanente présente des assemblages d’objets d’art et de la vie quotidienne couvrant une période de 4 000 ans, du Néolithique final à l’époque romaine tardive. L’espace d’exposition unique est divisé en quatre sections d’ensembles de fouilles représentatifs.

Dans le vestibule de la première section est présentée la statuette chryséléphantine caractéristique de la ville minoenne de Palaikastro. La deuxième section présente de nombreuses et importantes découvertes de Kato Zakros, telles que des jarres géantes, des vases décorés, des œuvres d’art à petite échelle et des tablettes de Linéaire A’. La troisième section comprend des découvertes d’assemblages funéraires géométriques et archaïques. La collection du musée est complétée par des objets des périodes hellénistique et romaine de Xirokampos, Ziros et d’autres sites archéologiques.