Το μουσείο βρίσκεται στην πόλη της Σητείας και στεγάζει εκθέματα από τους αρχαιολογικούς χώρους της περιοχής. Η μόνιμη συλλογή παρουσιάζει σύνολα αντικειμένων τέχνης και καθημερινής ζωής που καλύπτουν μια περίοδο 4.000 χρόνων, από την Ύστερη Νεολιθική έως την Ύστερη Ρωμαϊκή Περίοδο. Ο ενιαίος εκθεσιακός χώρος διαιρείται σε τέσσερις ενότητες αντιπροσωπευτικών ανασκαφικών σύνολων. Στον προθάλαμο στην πρώτη ενότητα παρουσιάζεται το χαρακτηριστικό χρυσελεφάντινο αγαλματίδιο από τη μινωική πόλη του Παλαίκαστρου. Η δεύτερη ενότητα προβάλει πολυάριθμα και σπουδαία ευρήματα της Κάτω Ζάκρου, όπως γιγάντια πιθάρια, διακοσμημένα αγγεία, έργα μικροτεχνίας και πινακίδες Γραμμικής Γραφής Α. Η τρίτη ενότητα περιλαμβάνει ευρήματα γεωμετρικών και αρχαϊκών ταφικών συνόλων. Την συλλογή του μουσείου συμπληρώνουν αντικείμενα της Ελληνιστικής και Ρωμαϊκής περιόδου από τον Ξηρόκαμπο, τη Ζήρο και άλλες αρχαιολογικές θέσεις.