Das Museum befindet sich in der Stadt Sitia und beherbergt Exponate aus den archäologischen Stätten der Gegend. Die ständige Sammlung präsentiert Assemblagen von Kunst- und Alltagsgegenständen aus einem Zeitraum von 4.000 Jahren, vom späten Neolithikum bis zur spätrömischen Zeit. Der einzelne Ausstellungsraum ist in vier Abschnitte mit repräsentativen Ausgrabungssets unterteilt.

In der Vorhalle im ersten Abschnitt wird die charakteristische Chryselephantin-Statuette aus der minoischen Stadt Palaikastro präsentiert. Der zweite Abschnitt präsentiert zahlreiche und wichtige Funde aus Kato Zakros, wie riesige Krüge, verzierte Vasen, Mikrokunstwerke und Linear-A-Tafeln.Der dritte Abschnitt umfasst Funde von geometrischen und archaischen Grabbeigaben. Die Sammlung des Museums wird durch Objekte aus der hellenistischen und römischen Zeit aus Xirokampos, Zero und anderen archäologischen Stätten vervollständigt.