Il museo si trova nella città di Sitia ed ospita reperti provenienti dai siti archeologici della zona. La collezione permanente espone gruppi di oggetti di uso quotidiano che coprono cronologicamente 4.000 anni di storia: dal tardo neolitico al periodo tardo romano. Lo spazio espositivo è suddiviso in quattro sezioni, relative alle campagne di scavo effettuate.
Nell’anticamera della prima sezione è esposta la straordinaria statuetta minoica crisoelefantina proveniente da Palaikastro. La seconda sezione riguarda numerosi e importanti reperti provenienti da Kato Zakros, come giare gigantesche, vasi decorati, piccoli oggetti e tavolette in lineare A. La terza sezione comprende reperti di carattere funerario di epoca geometrica e arcaica. Infine, la collezione del museo si conclude con l’esposizione di manufatti di epoca ellenistica e romana provenienti da Xirokampos, Zeros e da altri siti archeologici.