Das Kloster liegt in der Nähe der Siedlung Amnatos, auf einer Höhe von 500 m, umgeben von Weinreben, Olivenbäumen, Pinien, Zypressen und Stechpalmen.

Das erste Katholikon wurde Anfang des 16. Jahrhunderts gebaut. und das zweite Katholikon mit zwei Räumen im Jahr 1572 vom Besitzer des Klosters Mattheos Kallergis und dem Abt Klimis Hortatzis. Der Rest des Komplexes wurde zwischen 1670 und 1714 gebaut, um den Bedürfnissen des Gemeindelebens zu dienen.

Das Kloster spielte eine wichtige Rolle bei den Ereignissen der kretischen Revolution, als 1866 Mönche und Bewohner befestigt und zwei Tage lang von den Osmanen belagert wurden. Die Belagerten zogen es vor, ihr Leben durch die Sprengung des Pulvermagazins zu verlieren. Die Opferung der 964 Opfer des Arkadi-Klosters hat das Bewusstsein Europas für den Befreiungskampf Kretas geschärft.

Die Architektur des Klosters nimmt Elemente der italienischen Spätrenaissance und lokaler Tradition auf. Der Klosterkomplex nimmt eine große Fläche ein (73,80 m x 78,80 m), während der Bezirk mit dem charakteristischen Bogentor das neue Katholikon und die liturgischen Räume umfasst.
Der Beitrag des Klosters zur Bildung war bedeutend, während es gleichzeitig als Werkstatt für das Kopieren von Manuskripten und die Goldstickerei fungierte. Im Klostermuseum sind viele Handschriften und goldbestickte Gewänder ausgestellt.