Il Monastero si trova vicino al paese di Amnatos, ad un’altitudine di 500 m, ed è circondato da viti, ulivi, pini, cipressi e querce.
La prima chiesa fu costruita all’inizio del XVI secolo, mentre una seconda nel 1572 dal proprietario del monastero Mattheos Kallergis e dall’abate Klimis Chortatzis. Il resto del complesso fu edificato tra il 1670 e il 1714 al fine di soddisfare le esigenze della vita monastica.
Il Monastero ebbe un ruolo importante negli eventi della Rivoluzione Cretese quando nel 1866 monaci e residenti, rifugiatisi nelle strutture del monastero, furono assediati per due giorni dagli Ottomani. Stremati, gli assediati preferirono perdere la vita facendo esplodere la polveriera. Il sacrificio delle 964 vittime del monastero di Arkadi fu considerato dall’Europa intera il simbolo della lotta valorosa per la liberazione di Creta.
L’architettura del Monastero riprende elementi del tardo Rinascimento italiano e della tradizione locale. Il complesso monastico occupa una vasta area (73,80 m x 78,80 m) mentre il muro perimetrale, con il caratteristico portale ad arco, comprende la nuova chiesa e gli spazi liturgici.
Il contributo dei monaci del Monastero all’istruzione fu significativo, i quali si dedicavano anche alla trascrizione dei manoscritti e alla lavorazione di paramenti sacri in oro. Molti dei manoscritti e dei paramenti ricamati in oro sono esposti nel museo del monastero.