Η Μονή βρίσκεται κοντά στο οικισμό Αμνάτος, σε υψόμετρο 500μ, περιτριγυρισμένη από αμπέλια, ελαιόδεντρα, πεύκα, κυπαρίσσια και πρίνους. Το πρώτο καθολικό χτίζεται στις αρχές του 16ου αι. και το δεύτερο δίχωρο καθολικό το 1572 από τον ιδιοκτήτη της Μονής Ματθαίο Καλλέργη και τον ηγουμένο Κλήμη Χορτάτζη. Το υπόλοιπο συγκρότημα χτίζεται μεταξύ του 1670 και 1714 για να εξυπηρετηθούν οι ανάγκες της κοινοβιακής ζωής. Η Μονή έπαιξε σημαντικό ρόλο στα γεγονότα της Κρητικής Επανάστασης όταν το 1866 μοναχοί και κάτοικοι οχυρώθηκαν και πολιορκήθηκαν επί 2 μέρες από τους Οθωμανούς. Οι πολιορκημένοι προτίμησαν να χάσουν τη ζωή τους ανατινάζοντας την πυριτιδαποθήκη. Η θυσία των 964 θυμάτων της Μονής Αρκαδίου προκάλεσε την ευαισθητοποίηση της Ευρώπης για τον απελευθερωτικό αγώνα της Κρήτης. Η αρχιτεκτονική της Μονής υιοθετεί στοιχεία της ύστερης ιταλικής Αναγέννησης και της τοπικής παράδοσης. Το συγκρότημα της Μονής καταλαμβάνει μεγάλη έκταση (73,80μ x 78,80μ) ενώ ο περίβολος με την χαρακτηριστική τοξωτή πύλη περιλαμβάνει το νέο καθολικό και τους λειτουργικούς χώρους. Η συμβολή της Μονής στην παιδεία υπήρξε σημαντική ενώ παράλληλα λειτούργησε ως εργαστήριο αντιγραφής χειρογράφων και χρυσοκεντητικής. Πολλά χειρόγραφα και χρυσοκέντητα άμφια εκτίθενται στο μουσείο της Μονής.