Η Μονή βρίσκεται στον οικισμό Μαργαρίτες, σε απόσταση 30 χλμ από το Ρέθυμνο. Ιδρύεται μεταξύ του 15ου και 16ου αιώνα, ενώ αργότερα αποτέλεσε μετόχι της Μονής Καρακάλου του Αγ. Όρους. Εμβληματικό είναι το ανάγλυφο οικόσημο της οικογένειας των Δανδόλων, κτητόρων της Μονής, που βρίσκεται σε τάφο ενσωματωμένο στο δάπεδο του ναού. Σύμφωνα με την παράδοση το μοναστήρι ήταν γυναικείο κατά την Οθωμανική περίοδο και μετατράπηκε σε ανδρικό τον 18ο αιώνα, κατά την παραχώρηση του στη Μονή Καρακάλου. Στη Μονή ασκήτεψε ο Άγιος Γεδεών, που μαρτύρησε το 1818 στον τόπο καταγωγής του, τον Τύρναβο της Λάρισας. Το 1998 η Μονή αναστηλώθηκε και σήμερα σώζεται ο ναός του καθολικού και λίγα παλιά κτίσματα.