Das Kloster befindet sich in der Siedlung Margarites, 30 km von Rethymnon entfernt.
Es wurde zwischen dem 15. und 16. Jahrhundert gegründet, später wurde es Teil des Karakalos-Klosters von Ag. Bedingungen. Emblematisch ist das geprägte Wappen der Familie Dandola, Gründer des Klosters, das sich in einem Grabmal befindet, das in den Boden der Kirche eingebaut ist.
Der Überlieferung nach war das Kloster während der osmanischen Zeit ein Frauenkloster und wurde im 18. Jahrhundert in ein Männerkloster umgewandelt, als es dem Kloster Karakalos zugesprochen wurde. Der heilige Gideon, der 1818 in seinem Herkunftsort Tyrnavos den Märtyrertod starb, praktizierte im Kloster.