Il monastero si trova nei pressi dell’abitato di Margarites, a una distanza di 30 km da Rethymno.
Fu fondato tra il XV e il XVI secolo, mentre in seguito divenne dependance del Monastero di Karakalos sul Monte Athos. Emblematico è lo stemma a sbalzo della famiglia Dandolo, fondatrice del Monastero, collocato su una tomba ricavata nel pavimento della chiesa.
Secondo la tradizione, fu un monastero femminile durante il periodo ottomano e fu convertito in monastero maschile appena nel XVIII secolo, a seguito della cessione al Monastero di Karakalos. San Gedeone, martirizzato nel 1818 nel suo luogo d’origine, a Tirnavo (Larissa), aveva vissuto parte della sua vita in questo monastero.
Nel 1998 il Monastero è stato restaurato e oggi si conservano la chiesa e alcuni vecchi edifici.