Οι ποικιλομορφία και η αναγλυφότητα του Ψηλορείτη συνέβαλε σημαντικά στη βιοποικιλότητα της χλωρίδας της περιοχής. Στους λάτρεις της βοτανολογίας προσφέρεται η δυνατότητα παρατήρησης σπάνιων και ενδημικών ειδών, κυρίως σε φαράγγια, οροπέδια και δάση.
Συστάδες με κυπαρίσσια και πρίνους, ενδημικά είδη όπως η αμπελιτσιά, το κρητικό άρον, το κρητικό κυκλάμινο και οι ορχιδέες κεφαλάνθηρο και λυπητερό, εντοπίζονται στο δάσος του Ρούβα και το φαράγγι του Γάφαρη.
Χασμόφυτα όπως η πετρομάρουλα, το υπέρικο του Δία και ο περίφημος δίκταμος φύονται στα βραχώδη φαράγγια των Βοριζίων και των Καμαρών. Στο φαράγγι του Πατσού συναντά κανείς τεράστια πλατάνια, μικροσκοπικές σολενόψις, αζίλακες, ενδημικά βερμπάσκο και στο Γωνιανό φαράγγι σταιχελίνες, κενταύριες, το ενδημικό πλουμί και κυκλάμινα το φθινόπωρο.
Στο οροπέδιο του Γιούς Κάμπος ενδημεί η κόκκινη τουλίπα μαζί με πάνω από 20 διαφορετικά είδη ορχιδέας, ενώ στο οροπέδιο της Νίδας εμφανίζονται ο κρόκος του Ζίμπερ και η νευρίδα. Στον Σκίνακα φύεται ένα από τα σπανιότερα και απειλούμενα προς εξαφάνιση φυτά, η χορστρισέα.
Στα νότια του Ψηλορείτη υπάρχουν δάση κυπαρισσιού, τραχείας πεύκης, βελανιδιές, τρικοκκιές και αγριαχλαδιές.
Η περίοδος του φθινοπώρου, της άνοιξης και του καλοκαιριού ενδείκνυνται για την παρατήρηση πληθώρας βοτάνων και άλλων φυτών στις χαμηλές πλαγιές του βουνού
