Πληθώρα ειδών όπως αρπακτικά πτηνά, αμφίβια και χειρόπτερα (νυχτερίδες) προστατεύονται από τα 8 Καταφύγια Άγριας Ζωής. Ένα από τα εντυπωσιακότερα είδη αρπακτικών που κατοικεί στον Ψηλορείτη είναι ο γυπαετός ή κοκκαλάς. Ο γυπαετός ανήκει στα κρισίμως απειλούμενα είδη και η Κρήτη αποτελεί το τελευταίο του καταφύγιο στην Ελλάδα και τα Βαλκάνια.
Στα ορεσίβια είδη ανήκουν και οι γύπες που φωλιάζουν σε απότομες ορθοπλαγιές, φαράγγια και απόκρημνα βράχια του Αμαρίου και των Πάνω Ριζών. Η επιβίωση τους είναι άμεσα συνδεδεμένη με τις κτηνοτροφικές δραστηριότητες, καθώς τρέφονται αποκλειστικά με ψοφίμια οπληφόρων ζώων.
Χρυσαετοί, πετρίτες, σπιζαετοί, γερακίνες και βραχοκιρκίνεζα είναι μερικά από τα αρπακτικά που επίσης απαντώνται στην περιοχή.
Ο Ψηλορείτης προσφέρεται για ορνιθοπαρατήρηση όλο το χρόνο. Το Δάσος του Ρούβα, το Φαράγγι των Πλατανίων και η κορυφή Σκίνακα (πλην της χειμερινής περιόδου) ενδείκνυνται ως τοποθεσίες παρατήρησης.
