Λόγω της γεωγραφικής θέσης και των ιδιαίτερων οικοτόπων της περιοχής στο Γεωπάρκο φιλοξενείται μεγάλος αριθμός πτηνών, κυρίως μεταναστευτικών. Πάνω από 5 παράκτιοι υγρότοποι αποτελούν ενδιαίτημα αποδημητικών και επιδημητικών πτηνών. Τα μεταναστευτικά είδη που καταφθάνουν την άνοιξη, βρίσκονται στο ταξίδι επιστροφής από την Αφρική για τον Βορρά. Έτσι οι υγρότοποι του Γεωπάρκου, γίνονται αγαπημένοι σταθμοί στους οποίους φωλιάζουν και αναπαράγονται τα διαβατικά αυτά πτηνά.
Η ορνιθοπαρατήρηση είναι μια δραστηριότητα που ευνοείται ιδιαίτερα στην περιοχή λόγω της εύκολης πρόσβασης. Κανείς μπορεί να εντοπίσει παρυδάτια πτηνά όπως ο λευκοτσικνιάς, ο αρτέμης, ο θαλασσοκόρακας, ο υδροβάτης, ο καλαμόκιρκος, ο αιγαιόγλαρος και ο κοκκινοκεφαλάς. Τα είδη των μεταναστευτικών και ενδημικών αρπακτικών που συναντά κανείς σε προστατευόμενες περιοχές, όπως τα Όρη Ζάκρου είναι ο μαυροπετρίτης, ο χρυσαετός ή βιτσίλα, ο πετρίτης, η γερακίνα, το κιρκινέζι, το όρνιο και ο γυπαετός.
