Το έντονο ανάγλυφο, τα απόκρημνα φαράγγια και οι παράκτιες περιοχές των Αστερουσίων αποτελούν ιδανικό τόπο κατοικίας για την ορνιθοπανίδα του νοτιότερου ορεινού όγκου της Ελλάδας και της Ευρώπης. Τόσο ενδημικά όσο και μεταναστευτικά είδη επιλέγουν λόγω των διαφορετικών οικοτόπων και της πρόσβασης σε παράκτιες περιοχές τα Αστερούσια ως ενδιαίτημα. Τουλάχιστον 192 είδη συναντώνται στην περιοχή, αριθμός ιδιαίτερα υψηλός σε αναλογία με την έκταση των Αστερουσίων.
Πάνω από 29 είδη αρπακτικών βρίσκουν καταφύγιο στα δύσβατα φαράγγια των κεντρικών Αστερουσίων με εμβληματικά τον γυπαετό (κοκαλά) και το όρνιο. Η ορινθοπαρατήρηση ευνοείται ιδιαίτερα από την ύπαρξη του δασικού παρατηρητηρίου και της ταϊστρας κοντά στη Μονή Κουδουμά και των φυσικών θέσεων παρατήρησης του Κόφινα και της Μαδάρας. Στις παράκτιες περιοχές μπορεί κανείς να συναντήσει μεταναστευτικά αρπακτικά και μικρόπουλα την περίοδο της άνοιξης, καθώς ταξιδεύουν από την Αφρική προς την Ευρώπη και αντιστρόφως το φθινοπώρο.
Αντιπροσωπευτικά είδη αποτελούν ο Θαλασσοκόρακας, ο Χρυσαετός, το Χρυσογέρακο σε απόκρημνες βραχώδεις περιοχές, ο Μικροτσικνιάς, ο Νυκτοκόρακας, ο Κρυπτοτσικνιάς, ο Λευκοτσικνιάς, ο Πορφυροτσικνιάς στις εκβολές του ποταμού Αναποδάρη, ο Μαυροπελαργός, ο Τσίφτης, ο Σφηκιάρης σε περιοχές με βλάστηση και δάση, ο Βασιλαετός, ο Στεπαετός, ο Μουστακοτσιροβάκος στην κοιλάδα Μίντρη, η Καλιακούδα στις κορυφές του Κόφινα και το φαράγγι του Αχεντριά, ο Βλάχος σε περιοχές με φρυγανική βλάστηση και ο Φιδαετός σε περιοχές με θαμνώδη βλάστηση.
