Το φαράγγι βρίσκεται κοντά στον οικισμό Μαργαρίτες γνωστό για τα εργαστήρια αγγειοπλαστικής. Στην περιοχή δημιουργούνται μικρά και παράλληλα φαράγγια από ρέματα και παραποτάμους του Γεροπόταμου. Τόσο το φαράγγι των Μαργαριτών όσο και του Ορθέ και της Ελεύθερνας χαρακτηρίζονται από πλούσια βλάστηση και μικρές ευχάριστες βατές πεζοπορικές διαδρομές. Τα πετρώματα των φαραγγιών είναι ασβεστόλιθοι που δημιουργήθηκαν κατά την περίοδο του Μειόκαινου και έχουν λευκό και κίτρινο χρώμα.