Ο ναός βρίσκεται στον οικισμό των Μέσα Μουλιανών στα δυτικά του Γεωπάρκου Σητείας. Λόγω τον πολλών οικοδομικών φάσεων η χρονολόγηση του ναού παραμένει ασαφής. Ο πρώτος ναός ήταν αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον Θεολόγο και πιθανώς ανήκει στην μεσοβυζαντινή περίοδο. Στην συνέχεια ο ναός έγινε τρίκλιτος, όπου τα δύο νέα κλίτη αφιερώθηκαν στην Παναγία και την Αγία Τριάδα. Νέα προσθήκη αποτελεί το νότιο κλίτος που αφιερώθηκε στον Άγιο Χαράλαμπο κατά την Ενετοκρατία. Ο ναός δέχθηκε νέες παρεμβάσεις τον 19ο αιώνα με την προσθήκη του βόρειου κλίτους και την επέκταση των δυτικών κλιτών.

Τμήμα του τοιχογραφικού διακόσμου σώζεται στην κόγχη του ιερού με παραστάσεις ιεραρχών του 14ου αιώνα.